1950.
Privredni savjet i Vlada SFRJ donose odluku o osnivanju Instituta iz područja atomske fizike u sastavu JAZU u Zagrebu. Iste godine JAZU osniva Odbor za izgradnju Instituta i počinje njegova gradnja prema nacrtu arhitekta Kazimira Ostrogovića.
1951.
Na prijedlog akademika Ivana Supeka Institut dobiva ime po znamenitom hrvatskom fizičaru i astronomu iz 18. stoljeća Josipu Ruđeru Boškoviću.
1952.
Predsjedništvo JAZU prihvaća Privremeni pravilnik Instituta kojim se uvodi Vijeće instituta i funkcije predsjednika i potpredsjednika Vijeća te tehnički direktor. Za predsjednika Vijeća izabran je Ivan Supek, a za tehničkog direktora Herman Mattes. Institut je organiziran u četiri odjela: Teorijsku fiziku, Nuklearnu fiziku I (generatori s elektronikom), Nuklearnu fiziku II (metode motrenja) i Molekularnu fiziku.
1954.
Temeljem odluke Vijeća Instituta umjesto dotadašnjih odjela ustanovljene su sljedeće grupe: Teorijska, Nuklearno-strukturna, Neutronska, Visoko-energetska, Elektronička, Spektralno-strukturna, Fizičko-kemijska, Radioizotopna i Ciklotronska. Prvi se put spominje i Opći sektor u koji su uključeni Uprava i Knjižnica.
1955.
Rješenjem Saveznog izvršnog vijeća Institut je izdvojen iz sastava JAZU te postaje ustanova sa samostalnim financiranjem. Institutom upravljaju Upravni odbor, Naučni savjet i direktor.
1957.
Pokrenut je poslijediplomski studij iz prirodnih znanosti kao prvi poslijediplomski studij u SFRJ.
1962.
Pušten je u pogon ciklotron koji je ubrzavao deuterone do energije od 16MeV s intenzitetom snopa do nekoliko stotina mikroampera. Ciklotron je izgrađen isključivo vlastitim snagama djelatnika Instituta uz pomoć hrvatske industrije i koristio se za proizvodnju radio-farmaceutika.
1963.
Novim ustrojem Naučni sektor organizira se u sedam Odjela: Teorijsku fiziku, Nuklearna i atomska istraživanja, Čvrsto stanje, Elektroniku, Fizičku kemiju, Organsku kemiju i biokemiju te Biologiju. Time Institut učvršćuje svoj multidisciplinarni karakter.
1969.
Institut za biologiju mora JAZU u Rovinju udružuje se s Institutom Ruđer Bošković, čime je osnovan novi odjel unutar Znanstvenog sektora – Centar za istraživanje mora. Dio laboratorija novo osnovanog Centra smješten je i u Zagrebu.
1973.
Nakon donošenja novog Ustava SFRJ i SRH te Zakona o udruženom radu Institut se samoupravno konstituira i organizira u dvanaest osnovnih organizacija udruženih u radnu organizaciju Institut Ruđer Bošković. Istraživanja se financiraju putem Samoupravnih interesnih zajednica i stimulira se direktna suradnja s gospodarstvom.
1990.
Izgrađeno je V. krilo Instituta za potrebe Centra za molekularnu genetiku, u kojem su danas smješteni Zavod za molekularnu biologiju i dio laboratorija Zavoda za molekularnu medicinu.
1991.
Agresija JNA na Hrvatsku i Domovinski obrambeni rat ostavljaju dubok pečat na Institut i njegovu djelatnost. Znanstvenici i službenici Instituta daju zamjetan obol u obrani i u međunarodnom priznanju Republike Hrvatske. Zahvaljujući vrlo razvijenim međunarodnim vezama, znanstvenici Instituta organizirali su potpisivanje apela nobelovaca za mir u Republici Hrvatskoj, koji su u konačnici potpisala 126 dobitnika Nobelove nagrade. Tekst Apela napisao je Ivo Banac, a potpis Linusa Paulinga bio je otponac za akciju. Apel je (s potpisom 104 nobelovca) objavljen u New York Timesu 14. siječnja 1992. godine.
1994.
Institut se reorganizira u tri Odjela (Odjel za kemiju, Odjel za fiziku, Odjel za biologiju s medicinom) i dva Centra (Centar za istraživanje mora i Centar za atomska i laserska istraživanja) koji se sastoje od zavoda. Institut se počinje financirati putem javnog nadmetanja za programe/projekte Ministarstva znanosti, tehnologije i informatike (danas Ministarstvo znanosti, obrazovanja i športa).
1997.
Ukidaju se Odjeli i Institut se organizira u dvanaest Zavoda. Naknadnim osnivanjem Centra za NMR i Centra za informatiku i računarstvo Institut poprima današnju organizacijsku strukturu.
2005.
Osnovane su prve spin-off tvrtke Instituta. Tvrtka Biozyne nastala je s ciljem istraživanja i razvoja u području optimiziranih aktivnih supstanci molekula s potencijalnim antitumorskim djelovanjem. Tvrtka Chirallica farmaceutskoj, kemijskoj i ostalim industrijama pruža inovativna, efikasna i optimalna rješenja za kemijsku analizu, sintezu i separaciju ciljanih spojeva.
2006.
U okviru Projekta tehnologijskog razvoja financiranog iz zajma Svjetske banke osnovana je IRB-ova tvrtka Ruđer Inovacije d.o.o kao ured za komercijalizaciju znanja i transfer tehnologije.
2007.
Osnovane su tri spin off tvrtke IRB-a. Tvrtka Initium futuri osnovana je s ciljem razvoja visokih informacijskih tehnologija s naglaskom na razvoj programskih rješenja. Tvrtka Ruđer Medikol Ciklotron bavi se proizvodnjom radionuklida potrebnih za tumorsku dijagnostiku, ali i daljnjim istraživanjem i razvojem novih radionuklida i ostalih fizikalnih procesa vezanih za ciklotron. Tvtka Ruđer Medikol Dijagnostika pruža usluge genetičkog testiranja za nasljednu sklonost za rak dojke i jajnika.
2009.
Prihvaćen je novi Statut Instituta koji daje podlogu za neovisnu međunarodnu evaluaciju i reorganizaciju IRB-a u podinstitute i centre.
2009.
U novouređenu ciklotronsku dvoranu smješten je novi, 18 MeV-ski ciklotron Cyclone 18/9 HC tvrtke IBA Molecular iz belgijskog Louvain-la-Neuvea. Svoju će primjenu osim u proizvodnji radiofarmaceutika za potrebe medicinske dijagnostike naći i u temeljnim znanstvenim istraživanjima iz fizike, radiokemije i biomedicine.
2010.
Osnovana je spin off tvrka Artes Calculi bazirana na Robin Hood metodi, čime je IRB postao vodeća znanstvena institucija u Hrvatskoj u osnivanju spin off društava utemeljenih na rezultatima istraživačkog rada koji svugdje u svijetu predstavljaju jedan od najvećih motora u pokretanju gospodarstva.
